병원·의원 장기렌트 부가세 공제, 면세사업자는 안 되나 — 진료 면세와 겸영 안분, 세금계산서 정리

병원·의원이 장기렌트 대여료에 붙은 부가세를 매입세액으로 공제받을 수 있는지는 진료가 면세인지가 먼저 정합니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 시행령 제35조는 의사·치과의사·한의사·조산사·간호사가 제공하는 진료용역을 면세로 정하고, 제39조 제1항 제7호는 면세사업에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다고 정해요. 그래서 진료용역만 하는 병·의원은 5인승 세단을 빌리든 9인승을 빌리든 대여료의 부가세를 공제받지 못합니다. 다만 시행령이 면세에서 뺀 성형·미용 진료를 함께 한다면 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자라서, 차량 쓰임새에 따라 계산이 달라져요.

이 글은 제휴 렌터카사인 롯데렌터카의 계약 조건 원문과 현행 세법 조문을 대조해, 병·의원이 장기렌트를 계약하기 전에 확인할 순서를 정리했어요. 차종으로 공제 여부를 가르는 일반 기준은 장기렌트 부가세 매입세액, 공제되는 차와 안 되는 차 글에서, 학원·어린이집처럼 교육 용역 면세사업자의 사정은 학원·어린이집 차량 장기렌트 글에서 따로 다뤘습니다.

결론부터: 병·의원 상황별 판정표

표의 '공제될 수 있음'은 차종과 면세 때문에 막히지는 않는다는 뜻이에요. 사업과 관련된 지출인지, 세금계산서를 제대로 받았는지 같은 다른 요건은 따로 충족해야 합니다.

어디까지가 면세 진료인가

법 제26조 제1항 제5호는 '의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것'의 공급에 부가가치세를 면제해요. 대통령령이 정한 범위는 시행령 제35조에 있고, 「의료법」에 따라 의료기관을 개설한 자가 제공하는 용역을 포함한다고 적었습니다. 병·의원과 관련된 항목은 다음과 같아요.

• 제1호: 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 「간호법」에 따른 간호사가 제공하는 용역
• 제2호: 접골사, 침사, 구사 또는 안마사가 제공하는 용역
• 제3호: 임상병리사, 방사선사, 물리치료사, 작업치료사, 치과기공사, 치과위생사가 제공하는 용역
• 제4호: 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

제1호에는 단서가 붙어 있어요. 「국민건강보험법」 제41조 제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 진료용역 중 가목과 나목에 적은 것은 면세에서 뺍니다. 가목에는 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트, 잇몸성형술)이 있고, 나목에는 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술, 모공축소술이 있어요. 가목의 괄호는 성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술, 종양 제거에 따른 재건수술을 성형수술에서 다시 빼고, 유방확대·축소술에서는 유방암 수술에 따른 유방 재건술을, 악안면 교정술에서는 치아교정치료가 선행되는 것을 뺍니다. 가목에는 악안면 교정술도 올라 있어요.

그러니 의원이 면세 사업자인지 아닌지는 '병원이라서'가 아니라 실제로 하는 진료가 어디에 속하는지로 갈립니다. 피부과·성형외과·치과처럼 위 열거 항목을 하는 곳은 과세 매출이 생길 수 있고, 같은 사업장에서 두 가지를 함께 하면 겸영이에요. 어느 진료가 어느 쪽인지는 진료 항목별로 세무사와 확인해야 합니다.

면세사업 매입세액은 왜 공제되지 않나

법 제38조 제1항 제1호는 사업자가 '자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로' 공급받은 재화·용역의 부가세를 매출세액에서 공제한다고 정해요. 공제는 부가세를 매출에 붙여 받는 구조에서 매입에 붙은 부가세를 빼 주는 제도인데, 면세 진료는 매출에 부가세가 붙지 않으니 뺄 매출세액이 없습니다. 법 제39조 제1항 제7호가 이를 '면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)'은 공제하지 않는다고 적어 두었어요.

차종 기준과는 따로 작동한다는 점이 중요합니다. 같은 제39조 제1항의 제5호는 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호의 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액을 공제하지 않아요. 시행령 제78조는 이 업종을 제19조 각 호의 업종으로 정하고, 제19조는 운수업, 자동차 판매업, 자동차 임대업, 운전학원업, 기계경비업무를 하는 경비업, 그리고 이와 유사한 업종을 적습니다. 열거에 병·의원은 없어요. 방문진료 차량처럼 '직접 영업'으로 볼 여지가 있는지 같은 문제는 열거 업종과 비슷한지의 판단이라 세무서나 세무사에게 확인할 일입니다.

정리하면 병·의원의 렌트료에는 두 개의 벽이 있어요.

1. 면세 벽(제7호): 면세 진료에 쓰는 몫은 차종과 관계없이 공제가 안 돼요.
2. 차종 벽(제5호): 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호의 자동차는 과세 진료에 쓰더라도 공제가 안 돼요. 여기에 어떤 차가 들어가는지(정원 8명 이하 승용차, 경형 제외 등)는 개별소비세법 시행령 별표를 따르고, 차종별 판정 글에 정리했어요. 이 글에서는 그 별표 원문을 다시 받지 않았습니다.

과세 진료 전용으로 9인승 이상 차를 쓰는 경우처럼 두 벽을 모두 피해야 공제 가능성이 생깁니다.

과세 진료를 겸영하면: 실지귀속과 안분

법 제40조는 과세사업과 면세사업등을 겸영하면 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 '총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등'으로 안분한다고 정해요. 시행령 제81조가 구체적인 규칙을 둡니다.

• 적용 순서: 먼저 차를 과세 진료용으로만 쓰는지 면세 진료용으로만 쓰는지 구분되면 그대로 귀속시키고, 구분할 수 없을 때만 안분해요.
• 예정신고와 확정신고: 예정신고를 할 때는 예정신고기간의 총공급가액 중 면세공급가액 비율로 안분하고, 확정신고를 할 때 정산합니다(제81조 제1항 단서).
• 면세공급가액의 범위: 면세사업등에 대한 공급가액에 더해, 그 사업과 관련해 받았으나 과세표준에 들어가지 않는 국고보조금·공공보조금과 비슷한 금액을 합한 값이에요(같은 항).
• 안분 예외: 같은 조 제1항은 '인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우'를 빼는데, 시행규칙 제54조 제1항이 정한 경우는 도축업의 도축 두수 기준뿐이에요. 병·의원은 공급가액 비율을 씁니다.
• 공제로 보는 경우: 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액은 공제되는 매입세액으로 봐요. 다만 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다. 또 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만이면 공제되는 매입세액으로 보고요(제81조 제2항).
• 공급가액이 없는 기간: 개원 직후처럼 과세사업이나 면세사업 중 한쪽의 공급가액이 없는 과세기간에는 총매입가액 대비 면세 관련 매입가액의 비율, 총예정공급가액 비율, 총예정사용면적 비율의 순서로 안분해요(같은 조 제4항, 건물 취득 등은 제3호가 우선하는 단서가 있음).

5퍼센트 미만 예외는 면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트에 못 미치는 사업장에만 해당하니, 면세 진료가 중심인 의원에는 맞지 않고 과세 진료가 중심인 곳에서 따져 볼 수 있어요. 어느 쪽이든 안분은 차종 벽(제5호)을 통과하는 차에만 의미가 있어요. 정원 8명 이하 승용차는 안분 이전에 이미 공제 대상에서 빠집니다.

실지귀속으로 처리하려면 차가 과세 진료와 면세 진료 중 어디에 쓰이는지 구분할 수 있어야 해요. 어떤 기록으로 구분할지는 이 글에서 확인한 조문에 나오지 않으니 담당 세무사와 정하세요.

공제와 별개로 세금계산서는 받아야 해요

병·의원이 매입세액을 공제받지 못해도 세금계산서가 무의미한 것은 아니에요. 렌터카사의 대여는 면세 공급이 아니라서 렌터카사는 공급을 받는 자에게 세금계산서를 발급해야 하고(법 제32조 제1항, 면세 공급은 발급 대상에서 제외), 세금계산서에는 공급받는 자의 등록번호가 적혀야 합니다. 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아니면 고유번호 또는 주민등록번호를 적도록 정해요(같은 항 제2호). 면세 진료만 하는 개인사업자의 사업자등록은 소득세법 제168조에 따른 등록이고(법인은 법인세법에 따른 등록), 이때 받는 등록번호가 계약서와 세금계산서에 맞게 적혀야 해요.

받은 세금계산서는 합계표로 제출하는 의무가 따릅니다.

겸영 사업자의 경우 소득세법 제78조 제1항 제2호 단서가 흥미로워요. 부가세를 신고한 사업자는 사업장 현황신고를 한 것으로 보고, 단서에서 과세·면세를 겸영해 면세사업 수입금액 등을 신고하는 때에는 그 면세사업등에 대해 현황신고를 한 것으로 본다고 정해요. 소득세법 제163조의2와 법인세법 제120조의3의 합계표 제출에는 '부가가치세법 제54조 제5항에 따라 제출한 경우'를 빼는 단서가 있어요. 어떤 서류를 언제 내는지는 사업자 유형마다 달라서, 병원 세무 대리인이 챙기는 신고 일정에 렌트료 세금계산서가 빠지지 않는지만 확인해 두세요.

제휴 렌터카사의 마이카 FAQ는 렌터카 업종이 현금영수증 발급 대상에서 제외되어, 사업 목적으로 이용하는 개인사업자·법인에는 매입 세금계산서를 발급하고 매월 지정일에 전자 세금계산서를 자동 발행한다고 안내해요. 약관 제4조 제②항은 고객이 요청하면 청구내역과 세금계산서를 결제일 이전에 보낸다고 정하고요. 한편 신용카드 자동이체 동의 문구는 카드 자동이체는 세금계산서가 발행되지 않으며, 세금계산서를 원하면 출금자동이체(CMS)를 선택하라고 적고 있습니다. 합계표를 내야 하는 병·의원이라면 납입방법을 고를 때 이 문구를 먼저 확인하세요.

또 하나, 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 틀리면 그 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않아요(법 제39조 제1항 제2호, 대통령령으로 정하는 경우는 제외). 면세 몫에는 의미가 없지만, 과세 진료에 귀속되는 몫이 있는 겸영 병원은 세금계산서의 등록번호와 공급가액이 맞는지 챙겨야 합니다.

공제받지 못한 부가세는 비용에 들어갈까

소득세법 제33조 제1항 제9호와 법인세법 제21조 제1호는 부가가치세 매입세액을 필요경비·손금에 넣지 않는다고 적으면서, '부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액'은 제외해요. 대통령령은 소득세법 시행령 제74조 제1호, 법인세법 시행령 제22조 제1항 제1호에서 부가가치세법 제39조 제1항 제5호의 매입세액, 곧 승용차의 구입·임차·유지에 관한 불공제 매입세액을 꼽습니다. 제5호에 해당하는 승용차를 빌린 병·의원이라면 이 부분은 명문으로 확인돼요. 소득세법 시행령은 자본적 지출에 해당하는 것을 빼는 단서를 달고 있습니다.

반면 제7호(면세사업 관련) 매입세액은 이 시행령의 열거에 보이지 않았어요. 이 글에서 받은 소득세법 시행규칙 제39조와 법인세법 시행규칙 제11조에도 제7호 항목은 없고요. 법문의 '부가가치세가 면제되거나'가 이 경우를 어떻게 포섭하는지는 조문만으로 단정하지 않겠습니다. 9인승 이상 차를 면세 진료에 쓰는 병·의원의 렌트료 부가세가 어떻게 처리되는지는 세무사에게 확인해야 하는 부분이에요.

여기에 승용차의 비용 한도가 따로 있습니다. 소득세법 제33조의2(복식부기의무자)와 법인세법 제27조의2는 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 해당하는 승용자동차를 임차한 비용에 업무사용금액 계산과 연 800만원 한도(감가상각비와 임차료 중 감가상각비 상당액에 적용, 부동산임대업 주업 법인 등은 400만원)를 정해요. 이 특례는 부가세 과세사업자인지 면세사업자인지로 나누지 않고 차종으로 정합니다. 면세 병원이어도 8인 이하 승용차를 빌리면 해당될 수 있고, 순서는 업무용승용차 비용 한도와 운행기록부 글에, 개인사업자의 대상 여부는 복식부기의무자 기준 글에 있어요.

마이카 FAQ도 '부가세 공제와 장기렌트료의 사업상 비용처리는 서로 다른 개념'이라고 따로 짚습니다. 공제는 부가세 신고, 비용은 소득세·법인세 신고의 문제로 나눠 생각하세요.

계약서에서 병·의원이 볼 곳

계약 당사자는 롯데렌탈 주식회사이고, 우리는 상담을 연결하는 플랫폼이에요. 차종·트림별 승차정원, 운전자 범위, 보증, 중도해지 사유처럼 병·의원에도 똑같이 적용되는 사업자 공통 조항은 법인·개인사업자 장기렌트 계약 전 체크리스트에 정리해 두었습니다.

자주 하는 실수

• 병원이니까 면세라서 세금계산서가 필요 없다고 생각한다. 공제와 별개로 합계표 제출 의무가 따르는 사업자가 있어요.
• 9인승이면 공제된다고 생각한다. 9인승은 제5호의 차종 벽만 피하는 거예요. 진료에 쓰는 몫은 제7호에 막힙니다.
• 미용 진료를 조금 하니 렌트료 부가세를 전부 공제받는다고 생각한다. 겸영이면 실지귀속이나 안분으로 나누고, 8인 이하 승용차는 차종 때문에 처음부터 빠져요.
• 병원 이름으로 면세 여부를 단정한다. 면세 여부는 개설 형태가 아니라 제공하는 진료용역의 범위로 정해져요.
• 개원 준비 중에 개인 명의로 계약한다. 공급받는 자의 등록번호가 사업자 기준으로 적혀야 하니, 사업자등록과 계약 명의를 맞추세요.
• 카드 자동이체를 고르고 세금계산서를 기다린다. 약관 문구상 카드 자동이체는 세금계산서가 발행되지 않아요.

서명·신고 전에 확인할 것

• 우리 의원이 하는 진료가 시행령 제35조 제1호 면세 범위인지, 단서의 성형·미용 항목이 섞여 있는지
• 과세 진료와 면세 진료를 함께 한다면 그 차를 어느 쪽에 쓰는지, 실지귀속을 구분할 수 있는지
• 견적서의 트림과 승차정원(정원 8명 이하 승용차인지)
• 계약 명의(개인사업자·법인·개설자)와 세금계산서를 받을 사업자등록번호·이메일·담당자
• 납입방법을 CMS로 할지 카드 자동이체로 할지, 세금계산서 발행 여부
• 합계표 제출 기한(개인 다음 해 2월 10일, 면세법인 매년 2월 10일)이 세무 대리인의 일정에 들어 있는지
• 앞면의 위약금률, 약정주행거리, 초과운행료 값
• 공제를 못 받는 몫의 비용 처리 방법과 업무용승용차 특례 대상 여부를 세무사에게 확인했는지

자주 묻는 질문

개별 사업자의 부가세 신고와 비용 처리는 진료 구성, 차 사용 방식, 장부에 따라 달라지므로 서명하기 전에 담당 세무사와 확인하세요.

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